Вопрос "Are there horses in the circus?" спрашивает о наличии лошадей в цирке.
Правильный ответ должен соответствовать грамматической структуре вопроса (Are there...) и отвечать на вопрос о наличии чего-либо (there are/there is).
Вариант "Yes, there are." является грамматически верным ответом на вопрос "Are there...?" для множественного числа.
Вариант "Yes, they have." неправильный, так как 'they have' используется для обозначения обладания, а не наличия.
Вариант "Yes, there is." неправильный, так как 'is' используется для единственного числа, а в вопросе используется 'are' (для множественного числа).
Вариант "Yes, it is." неправильный, так как 'it is' используется для единственного числа неодушевленных предметов или для ответа на вопросы типа "Is it...?"