В предложении используется слово "yesterday" (вчера), что указывает на прошедшее время. Перед нами подлежащее "two lemons" (два лимона), которое является множественным числом. Следовательно, нам нужен глагол "were", который используется для обозначения множественного числа в прошедшем времени.
There were two lemons in the fridge yesterday.