Выбор правильного варианта зависит от грамматического времени. В данном предложении действие (ужин) происходило в момент другого действия (звонок телефона), что указывает на использование Past Continuous.
Past Continuous образуется с помощью вспомогательного глагола 'to be' в прошедшем времени (was/were) и причастия настоящего времени (V-ing).
Подлежащее 'They' стоит во множественном числе, поэтому используется 'were'.
Следовательно, правильный вариант — 'were having'.