Choose the correct variant. ... a lot of cafes in the town, but now I can't see them.

Логика выбора: Предложение описывает наличие чего-либо в прошлом (было много кафе), но затем противопоставляет это настоящему состоянию (сейчас их не видно). Поэтому, для описания прошлого наличия, следует использовать прошедшее время. Среди вариантов «There are» и «There is» — настоящее время, а «There was» и «There were» — прошедшее. Так как «cafes» — множественное число, выбираем «There were».