Выбор между "has been" и "has gone" зависит от смысла предложения.
"has been" означает, что человек был где-то и вернулся, или все еще там.
"has gone" означает, что человек ушел и его нет здесь.
В данном контексте "I don't know where he..." (Я не знаю, где он...) и "I'll call him." (Я позвоню ему) подразумевают, что он куда-то ушел и его нет, поэтому нужно найти его.