Главное отличие голосеменных от покрытосеменных растений заключается в следующем:
1) Наличие корней - это общий признак для большинства высших растений, включая голосеменные и покрытосеменные.
2) Наличие цветков - это признак покрытосеменных, у голосеменных цветков нет.
3) Наличие семян, не заключённых в плоды - это главный отличительный признак голосеменных.
Ответ: 3) Наличие семян, не заключённых в плоды