деревянный дом — дом из дерева.

Заменим словосочетание «деревянный дом», построенное на основе согласования, синонимичным словосочетанием со связью управление.

деревянный дом - это дом (какой?) деревянный;

дом из дерева - это дом (из чего?) из дерева.

Соблюдаем нормы современного русского литературного языка. Форму главного слова не меняем.

Ответ: дом из дерева.