Задание: заполнить пропуск, используя Past Perfect или Past Perfect Continuous.
В данном случае нужно использовать Past Perfect Continuous, так как действие длилось в течение некоторого времени до определенного момента в прошлом.
Правильная форма глагола: had been cleaning.
Ответ: Mum was angry because she had been cleaning the house all morning when the children came in with those muddy shoes.