В предложении «Frank asked: " Has it stopped raining?" Molly said: "Yes".»:
Теперь нужно выбрать, какой из вариантов передачи прямой речи в косвенную является корректным.
Вариант 1: «Frank asked Molly if it had stopped raining and she said it had.»
Вариант 2: «Frank asked Molly if it has stopped raining and she said it has.»
Для корректного преобразования прямой речи в косвенную необходимо изменить время глагола. Вопрос «Has it stopped raining?» (Present Perfect) при переходе в косвенную речь трансформируется во времена прошедшего времени, в данном случае — Past Perfect («had stopped»).
Правильный вариант: Frank asked Molly if it had stopped raining and she said it had.