Основные функции бактерий включают: разложение органических веществ, участие в круговороте веществ, фиксация азота, производство кислорода (цианобактерии), участие в пищеварении и иммунитете, использование в биотехнологиях (производство пищевых продуктов, лекарств и т.д.).