Ответ:

Пугачёв узнал, что Марья Ивановна — дочь казнённого капитана Миронова, а Швабрин удерживает её и принуждает к браку. Искреннее заступничество Гринёва и рассказ о положении девушки вызвали в Пугачёве сочувствие. Он освободил Машу и позволил ей уехать с Гринёвым.

Ответ: Пугачёв помиловал Машу, потому что пожалел невиновную сироту и откликнулся на честную просьбу Гринёва.