I am surprised to see you. Your sister said you were are has been ill.

Решение:

Для правильного заполнения пропуска в предложении "I am surprised to see you. Your sister said you ____ ill." нужно выбрать глагол, который согласуется с подлежащим "you" и временем, подразумевающим прошедшее состояние (так как сестра сказала это ранее).

• Вариант "were" подходит, так как это прошедшее время глагола "to be" для "you".
• Вариант "are" — это настоящее время, которое не подходит, так как сестра говорила о состоянии, которое уже прошло или длилось до момента разговора.
• Вариант "has been" — это Present Perfect, который обычно используется для действий, начавшихся в прошлом и продолжающихся до настоящего момента или имеющих результат в настоящем. Хотя грамматически возможно, "were" является более естественным и прямым выбором в данном контексте, особенно в разговорной речи.

Таким образом, наиболее подходящий вариант — "were", так как он указывает на прошедшее состояние.

Ответ: were