Правильный вариант: will become.
Объяснение: В данном предложении используется условное наклонение первого типа (First Conditional). First Conditional используется для описания вероятных событий в будущем, если будет выполнено определенное условие. Структура предложения: If + Present Simple, will + Verb (infinitive without to).
В нашем случае: If we continue (Present Simple) to pollute the environment, many endangered species will become (will + infinitive) extinct.
Поэтому, правильный вариант – 'will become'.