При входе в плотные слои атмосферы скорость космического корабля уменьшается. Это происходит из-за сопротивления атмосферы, которое преобразует кинетическую энергию корабля в тепловую энергию, что приводит к замедлению.
Противоречия с формулой (3.6) нет, так как формула (3.6) описывает скорость на орбите в условиях отсутствия атмосферы. Вход в атмосферу добавляет новую силу - силу сопротивления, которая не учитывается в этой формуле.