События Смутного времени (начало XVII века) оказали негативное влияние на судьбу Царёва-Борисова. В условиях политической нестабильности, гражданских войн и внешних вторжений крепость и прилегающие земли могли страдать от разорения, набегов, запустения и недостатка ресурсов. Её значение как пограничного укрепления могло снизиться или быть временно утраченным.