Некоторые положения Жалованной грамоты городам могли вызвать недовольство горожан:
1. Сохранение сословного деления: Грамота закрепляла сословное деление городского населения, что могло вызывать недовольство тех, кто не принадлежал к привилегированным слоям.
2. Ограничение участия в выборах: Не все горожане имели право участвовать в выборах в городские органы самоуправления, что могло вызывать недовольство у тех, кто был лишен этого права.