По мнению автора текста, факт, свидетельствующий о том, что галка понимала, в какой по счёту коробочке было последнее зерно, - это то, что из пятой коробочки она достала последнее зерно и не пошла к другим коробочкам, которые стояли рядом.
Ответ: Из пятой коробочки она достала последнее зерно и не пошла к другим коробочкам, которые стояли рядом.