Ответ:

Пусть всего было \(x\) флажков. Тогда \(\frac{4}{7}x=28\), откуда \(x=28\cdot\frac{7}{4}=49\).

После первого раза осталось \(49-28=21\) флажок. Во второй раз Коля раскрасил треть оставшихся: \(21:3=7\).

Всего раскрашено: \(28+7=35\).

Ответ: 35 флажков.