В данном случае, когда нужно выбрать между "в место" и "вместо", важно понимать их различия.
"В место" используется, когда речь идет о пространстве, которое занимает кто-то или что-то. Например: "Он встал в место ученика у доски".
"Вместо" (слитно) — это предлог, который указывает на замену, на то, что одно явление, предмет или действие заменяет другое. Например: "Вместо отца на собрание пришла мать".
В контексте фразы "меня в командировку отправили другого сотрудника" подразумевается замена одного человека другим. Поэтому корректным будет вариант "вместо".
Что касается фразы "должны быть согласованы", то она относится к тому, что именно должно быть согласовано. Без дополнительного контекста трудно сказать, что именно.
Учитывая предложенные варианты выбора:
Меня в командировку отправили, вместо другого сотрудника. (или: Другого сотрудника отправили в командировку вместо меня.)
Что касается второй части фразы "должны быть согласованы", то в данном случае, скорее всего, речь идет о документах или действиях, которые касаются этой командировки.
Ответ: Вместо.