Да, восстание под предводительством Болотникова можно считать одним
из эпизодов гражданской войны.
Аргументация:
Гражданская война — это вооружённый конфликт внутри одного
государства между его гражданами или различными слоями общества.
Болотников возглавлял вооружённый конфликт между низами общества
(крестьяне, холопы, казаки) и царской властью (служилые дворяне и
бояре).
В восстании приняли участие различные социальные группы, которые
сражались против русского царя и русского дворянства, что полностью
соответствует понятию гражданской войны.