На месте каких цифр в предложении должны стоять запятые? Сразу же за рекой (1) поднимаясь вверх (2) выделились скалистые горы (3) очерченные внизу (4) ломаной линией чернеющих низеньких кустарников.

Деепричастный оборот «поднимаясь вверх» обособляется с двух сторон — запятые нужны на местах 1 и 2. Причастный оборот «очерченные внизу ломаной линией чернеющих низеньких кустарников» стоит после определяемых слов «скалистые горы», поэтому обособляется; запятая ставится на месте 3, а на месте 4 она не нужна, так как оборот продолжается.

Ответ: 1, 2, 3.