1) У голосеменных растения имеют семена, тогда как у папоротникообразных размножение происходит спорами. 2) У голосеменных отсутствуют цветы, но имеются шишки, а у папоротникообразных растения имеют листья-вайи. 3) Голосеменные растения, как правило, древесные формы, а папоротникообразные чаще травянистые.