Ответ:

  1. Правильно: «Выдаём ли мы диплом по окончании обучения?» В значении «после завершения» предлог «по» употребляется с существительным в предложном падеже: по окончании.

  2. Правильно: «Директор школы координирует работу по ремонту». Глагол «координировать» требует дополнения в винительном падеже: координировать что? работу.