Они перешли через церковь не замеченные никем и вышли потом на площадь, бывшую перед нею.

Выполним пунктуационный анализ предложения (ПРОТОКОЛ Б).

1. Выделяем грамматические основы:
   Они перешли, вышли.
2. Определяем тип предложения: простое, осложнено обособленным определением, выраженным причастным оборотом.
3. Применяем пунктуационные правила:
   а) причастный оборот, стоящий после определяемого слова, выделяется запятыми.
4. В выводе приводим всё предложение полностью со знаками.

Ответ: Они перешли через церковь, не замеченные никем, и вышли потом на площадь, бывшую перед нею.