В предложении в Past Perfect используется вспомогательный глагол "had" и третья форма глагола (Past Participle). Для глагола "to stop" третья форма – stopped.
Правильное предложение:
By 5 o'clock the rain had stopped.
Перевод: К 5 часам дождь перестал.
Ответ: had stopped