Систематика простейших является предметом дискуссий из-за сложности их классификации. Простейшие представляют собой очень разнообразную группу организмов с различными способами питания, размножения и строения. Кроме того, появление новых методов исследования, таких как молекулярная биология, привело к пересмотру традиционных представлений о родственных связях между различными группами простейших.