Ответ:
Оборот «обусловленная комплексом факторов, связанных со спецификой научного мышления» стоит после определяемого слова «структура» и обособляется. Внутри него оборот «связанных со спецификой научного мышления» относится к слову «факторов» и отделяется запятой.
Структура научного произведения, обусловленная комплексом факторов, связанных со спецификой научного мышления, отличается от организации публицистического текста.
Ответ: запятые ставятся на местах цифр 1, 2 и 4.
