При разгрузке товара с РЦ у машины сломался гидроборт (помпа), половина товара не выгружена. Нужно ли указывать простой в маршрутном листе, если время разгрузки было больше нормы?

Да. Если неисправность гидроборта задержала разгрузку, фактический простой следует отразить в маршрутном листе по установленному в организации порядку: указать время задержки и причину, а при необходимости приложить подтверждение. Запись должна соответствовать фактическим обстоятельствам; внутренние правила оформления могут различаться.