В данном случае предлог "в течение" употребляется с родительным падежом, так как отвечает на вопрос "в течение чего?" – "в течение нескольких недель". Поэтому выбираем окончание -и.
Исследование может быть продолжено в течение нескольких недель.
Правило дня: Предлог "в течение" пишется раздельно и с окончанием -и, если указывает на временной промежуток.
Ответ: в течение