Самолёт летел (над чем?) над Москвой. Мы видели внизу (что?) … (В чём?) В … много высотных домов, зелёных парков. (Что?) … встречает гостей очень радушно.

Вставляем названия в нужной форме: «над чем?» — творительный падеж; «что?» — винительный; после предлога «в» в значении места — предложный.

Самолёт летел над Москвой. Мы видели внизу Москву. В Москве много высотных домов, зелёных парков. Москва встречает гостей очень радушно.