Схема происхождения митохондрии в разных группах эукариот имеет абсолютно аналогичную картину.

Неверно. Происхождение митохондрий связано с первичным эндосимбиозом, но дальнейшая эволюция и строение митохондрий у разных групп эукариот различаются.