Сразу же за рекой (1) поднимаясь вверх (2) виделись скалистые горы (3) очерченные внизу (4) ломаной линией чернеющих низеньких кустарников.

Деепричастный оборот «поднимаясь вверх» стоит перед сказуемым «виделись» и относится к подразумеваемому субъекту действия; он обособляется. Причастный оборот «очерченные внизу ломаной линией чернеющих низеньких кустарников» стоит после определяемого слова «горы» и также обособляется. Слова «внизу» и «ломаной линией чернеющих низеньких кустарников» входят в этот причастный оборот, поэтому между ними запятая не нужна.

Запятые нужны на местах цифр 1 и 3.

Ответ: 1, 3.