Согласно статье 83 Конституции Российской Федерации, Президент Российской Федерации назначает Председателя Правительства Российской Федерации с согласия Государственной Думы. Председатель Правительства предлагает Президенту кандидатуры вице-премьеров и министров. Президент назначает их.
Таким образом, структура федеральных органов исполнительной власти утверждается Президентом Российской Федерации.
Ответ: Президентом