Ответ:
«Стоящие в пристани» — причастный оборот после определяемого слова «суда», поэтому он выделяется запятыми. В конструкции «или сторожевые, или купеческие» запятая перед вторым «или» не ставится: это повторяющийся союз при однородных членах. Перед придаточной частью «которые ещё даже не начинали нагружаться» ставится запятая.
Ответ: Суда, стоящие в пристани, были все — или сторожевые, или купеческие, которые ещё даже не начинали нагружаться.
