Рассмотрим предложения по порядку:
1) В одном большом городе был ботанический сад, а в этом саду — огромная...
- Здесь уже стоит запятая между частями сложного предложения.
- Тире ставится для обозначения отсутствия сказуемого (сад был огромным), но это не требует дополнительных запятых.
2) Она была очень красива.
- Это простое предложение, в нем нет необходимости ставить запятые.
3) Стройные витые колонны лёгкие узорчатые арки, в которые были...
- Здесь уже стоит запятая перед придаточным предложением «в которые были...».
- Перед «лёгкие» запятая не нужна, так как «стройные», «витые», «лёгкие», «узорчатые» являются однородными определениями, описывающими колонны и арки, и они объединены в группы, каждая из которых относится к своему существительному («колонны» и «арки»).
Таким образом, ни в одном из предложенных вариантов не требуется ставить две запятые.