Смотри, как это работает:
В Present Simple, когда мы задаем вопрос о ком-то или чем-то в третьем лице единственном числе (он, она, оно), мы используем does перед подлежащим.
В данном случае, подлежащее — that clock (эти часы). Соответственно, вопрос будет выглядеть так: Does that clock work?
Ответ: Does