The boys were out of breath. They ... a marathon.

Решение:

Необходимо выбрать правильную форму глагола, которая описывает действие, предшествующее другому действию в прошлом (быть без дыхания). Для этого используется Past Perfect Continuous.

• had been running — это Past Perfect Continuous (прошедшее совершенное длительное время), которое используется для описания действия, начавшегося в прошлом, продолжавшегося некоторое время и имевшего результат или связь с другим действием в прошлом.
• had been run — это страдательная форма Past Perfect Continuous, которая здесь не подходит, так как мальчики сами бежали, а не были пробегаемы.
• had running — это некорректная форма.

Следовательно, правильный вариант - had been running.

Ответ: had been running