Необходимо выбрать правильную форму глагола в Past Perfect или Past Simple.
Поскольку в предложении есть указание на то, что действие завершилось к определенному моменту в прошлом (by the time the rain started), следует использовать Past Perfect.
Правильный вариант: had left.
Предложение полностью: They had left home by the time the rain started.
Ответ: had left