They ... pretty tough times at school these days. Варианты: having; have; are having; is having.

They are having pretty tough times at school these days.

Используется Present Continuous, потому что речь идёт о временной ситуации в настоящий период. Перевод: «В эти дни им приходится нелегко в школе».

Ответ: are having.