Выделяем грамматические основы:
Предложение сложное, с разными типами связи: сочинительной и подчинительной. Расставляем знаки препинания согласно правилам.
Получаем предложение с запятыми:
Кремль (1) самая древняя часть столицы России, (2) расположенная на берегу Москвы-реки. Именно здесь (3) на Боровицком холме, (4) ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал свою усадьбу-крепость, (5) впервые упомянутую в 1147 году. Примечательно (6) что стены и башни Кремля были воздвигнуты из красного кирпича (7) на месте прежних белокаменных в конце XV века, (8) а колокольня Ивана Великого (9) самое высокое здание на Руси тех времён.
Ответ: 2, 4, 5, 7, 8