Запятые нужно поставить в позициях 1, 2 и 3, чтобы выделить придаточное предложение «в каждом из которых выделяется особый желудочный сок»:
Желудки с двумя самостоятельными отделами, в каждом из которых, выделяется особый желудочный сок, отличают кашалотов от других китов.
Ответ: 1, 2, 3