Приложение - это определение, выраженное именем существительным, согласованным с определяемым словом в падеже. Чаще всего оно раскрывает признак предмета, даёт ему другое название.
Рассмотрим каждое предложение:
- В предложении есть приложение: «черноокая Матрёша». Оно стоит после определяемого слова «наперсница» и поясняет его.
- В предложении нет приложения.
- В предложении есть приложение: «рифообразующие кораллы». Оно стоит перед определяемым словом «животные» и называет их.
- В предложении нет приложения. Есть два отдельных предложения, связанных по смыслу.
Таким образом, предложения с приложениями: №1 и №3.
Ответ: 1 и 3.