Разберем предложенные варианты:
- Предложение 1: "В ходе многолетней Северной войны были сначала очищены от шведских судов Псковское и Чудское озёра, а осенью 1702 года, когда русская армия была уже реорганизована и перевооружена, наступило время выполнить давнишний план Петра І: «Орешек достать», то есть атаковать сильную шведскую крепость Нотебург - бывший русский город Орешек." Здесь грамматическая основа определена верно: подлежащее - Псковское и Чудское озёра, сказуемое - были очищены.
- Предложение 2: "В ночь на 11 октября 1702 года войска Шереметева начали штурмовать крепость, через тринадцать часов гарнизон её капитулировал, и обрадованный победой Петр написал голландцу Виниусу: «Зело жёсток сей орех был, однако, Слава Богу, счастливо разгрызен»." Здесь грамматическая основа также определена верно: подлежащее - войска, сказуемое - начали штурмовать.
Таким образом, оба варианта содержат верное определение грамматической основы.
Ответ: 1, 2