Бактерии отличаются друг от друга по следующим признакам: форма (кокки, бациллы, спириллы, вибрионы), наличие или отсутствие спор, способ питания (автотрофы, гетеротрофы, сапрофиты, паразиты), потребность в кислороде (аэробы, анаэробы), тип клеточной стенки (грамположительные, грамотрицательные), наличие жгутиков (подвижные, неподвижные), а также по другим физиологическим и биохимическим свойствам.