В чем принципиальное различие этих двух механизмов? Почему современная биология отвергает первый механизм (наследование приобретенных признаков) в качестве ведущего?

Современная биология отвергает наследование приобретенных признаков, так как генетические изменения, влияющие на фенотип, не передаются напрямую от родителей к потомкам. Эволюция происходит за счет естественного отбора, действующего на генетическую изменчивость.