Фразы Здравствуйте и Будьте здоровы являются формулами речевого этикета, выражают приветствие и пожелание.
Фраза Здравствуйте используется при встрече, а Будьте здоровы - при прощании или когда человек чихает.
Ответ: фразы похожи по функции, но различаются по ситуации употребления.