Управление ядерной реакцией заключается в контроле количества нейтронов в активной зоне реактора. Это достигается с помощью регулирующих стержней, содержащих материалы, хорошо поглощающие нейтроны (например, бор или кадмий). Вводя или выводя стержни из активной зоны, можно уменьшать или увеличивать количество нейтронов, доступных для деления ядер, и тем самым контролировать интенсивность цепной реакции. Также, можно управлять реакцией через изменение параметров замедлителя и теплоносителя.