Пусть во второй коробке было \(x\) кг вафель, тогда в первой — \(x+36\) кг.
Составим уравнение: \(x+(x+36)=100\).
\(2x+36=100\); \(2x=64\); \(x=32\).
Во второй коробке 32 кг, а в первой: \(32+36=68\) кг.
Ответ: в первой коробке 68 кг, во второй — 32 кг.