в использовании ключей проблем нет, все связи в таблицах должны работать. Скорее всего, ошибка в том, что, согласно правилам Кодда, записи в таблицах должны быть уникальны, повторений записей в работающей базе быть не должно, их нужно удалить

Совершенно верно. Если со связями между таблицами и самими ключами всё в порядке, то проблема, скорее всего, кроется в нарушении правил Кодда. Эти правила требуют, чтобы каждая запись в таблице была уникальной. Если в базе данных есть повторяющиеся записи (с одинаковыми первичными ключами), это вызовет проблемы в её работе.

Решение: Необходимо найти и удалить все дублирующиеся записи, чтобы восстановить уникальность данных.