Для того чтобы ответить на этот вопрос, нужно сравнить данные по эксплуатационной длине железнодорожных путей в 2000 и 2016 годах для каждого региона, представленного в таблице.
* Псковская область: 1092 км (2000 г.) и 1090,7 км (2016 г.). Уменьшилась.
* Калининградская область: 639 км (2000 г.) и 667,6 км (2016 г.). Увеличилась.
* Ленинградская область: 2853 км (2000 г.) и 2842,1 км (2016 г.). Уменьшилась.
* Вологодская область: 772 км (2000 г.) и 769,3 км (2016 г.). Уменьшилась.
Таким образом, эксплуатационная длина железнодорожных путей увеличилась только в Калининградской области.
Ответ: Калининградская область.